А перед маской группируете каждую такую штуку отдельно? Иногда бывает, что детали попадают на разные слои и из-за этого перемешиваются, по крайней мере у меня так было.

когда применяешь новый узор, а потом убираешь обтравочные маски, если объекты сложные то в некоторых местах они перемешиваются.

Честно говоря вообще не поняла вопрос, можно поподробнее, что у вас перемешивается?